Karanlık dönemden sonra Karya, Bergama ve Roma egemenliğine girdi. (M.Ö. 133) M.S. 395’te Büyük Roma İmparatorluğu ikiye ayrıldı. Karya bu ayrımda Doğu Roma (Bizans) İmparatorluğu’nda kaldı.

     VII. yüzyıldan beri İslam dünyasının ilgisini çekmeye başlayan Anadolu, 1071 Malazgirt Zaferi’nden sonra Selçuklu İmparatorluğu’nun hakimiyetine girdi. Selçuklu döneminde bölgemizin Türk ve İslam cemaatlerine yaylak ve otlak durumuna geldiğini Paul Vittek’in 1944 yılında Türk Tarih Kurumunca basılan, “Garbi Küçük Asya Tarihine Ait Tetkik Kitabı”ndan öğrenmekteyiz. Vittek, bölgede kurulan Menteşe Beyliği’nden çok önce, yöreye Türkmen boylarının yerleştiğini söyler.
Henüz sahillere inmemiş olan bu boyların, sahilleri gören yaylalara yoğun şekilde geldiklerini ve bu yaylalarda geniş otlaklara sahip olduklarını kaydeder.

     Kütahya’dan Muğla’ya gelen ilk Oğuz boyları şunlardır: Horzum, Yahşibey, Kızılcakeçili, Balyabolu, Alayuntlu, Ekerer, Hamza, Emirali, Bart ve Köyceğiz cemaatleri. Bu cemaatlere “Menteşe Kayıları” denir. Sayı ve dağılım bakımından Konya ve Ankara Kayıları’na oranla daha topludurlar. Beçin merkez olmak üzere, kuzeyde Çine ve Selçuk, güneyde Köyceğiz’e kadar tirler halinde yayılmışlardır. Menteşe Kayıları önceleri Konya Kayıları gibi yarı göçebe yaşarlarken, Kanuni fermanları ve yasalarıyla göçebelikten yerleşik tarım toplumu haline gelmeye başlarlar. Menteşe Kayıları Kütahya göçlerinden ve Karya fethinden önce, Isparta ve Denizli bölgesine yerleşen ve sayıları İbn-i Said’e atfen Ebu’l Feda tarafından 200 bin çadır kaydedilen eski uç Türkmenidirler. Yöremize Moğol istilası sonunda geldikleri kaydedilir. Bunların doğuda kalan boylarına “Türkmen”, kendilerine “Yörük” denir.

     Menteşe Kayılarının toplu yerleşimleri şu merkezlerde olmuştur:

     Nasuh ve Musa tirleri (Veled-i Mustafa) Beçin,
     Mustafa tiri (Veled-i İbrahim) Milas,
     Hızır tiri (Veled-i Aydoğdu) Beçin,
     Halil tiri Beçin-Acısu,
     Demirci İbrahim tiri Eskihisar,
     Mustafa tiri (Veled-i Hasan Fakıh) Beçin,
     Resul tiri (Veled-i Davut) Beçin,
     Mehmet tiri Bozüyük,
     Hazma tiri (Veled-i Bayezid) Çine,
     İsabalı tiri (Veled-i İvaz) Balat-Çine,
     Halil tiri, Mandalyat,
     Kara Üveys Zaim tiri, Köyceğiz

     Bu cemaatler kolonizatör Türk dervişlerinin emrindedir. Özellikle 14. ve 15. yüzyıllarda bu dervişler, aşiretler arasında çok itibara eriştiler. Bu nedenle göçebe aristokrasisi ile cemaatler de bunların adlarıyla anılır oldular. Muğla’nın bugünkü mahallelerine adlarını veren Emirbeyazıt, Hacı Rüstem, Kara İmam, Şeyh Bedrettin ve Muslihittin gibi.

     Bölgemize Kütahya dolaylarından gelen ilk İslam-Türk nüfusa, Menteşe Beyliğinin son yıllarında Timur’dan katkılar gelir. 1402 Ankara Savaşı’nda Osmanlı ordusunu yendikten sonra Batı Anadolu ‘ya gelen Timur, kış aylarını Ayasuluk’ta (Selçuk) geçirir. Menteşe dağlık bölgesinin içlerine talan için gönderilen Timur’un çavuşlarından yer yer geri dönmeyenler olur. Bize, bu kaynaşmanın ipuçlarını Türk diyalektoloji araştırmaları vermektedir. Prof. Dr. Ahmet Caferoğlu, 1960’lı yıllarda Muğla dolaylarında yapmış olduğu dil araştırmalarında Nogayca’dan izler bulmuştur. Nogayca, Moğol dil kökenine dahildir.

     Benzer gözlemi Prof. Dr. Rebii Barkın yapmıştır. Afganistan Kabil Üniversitesinde, 1950’li yıllarda öğretim üyesi olarak çalışan Barkın, Türkmence, Nogayca ve Azerice konuşulan coğrafya parçalarını yakından görme ve tanıma olanağı bulmuştur.

     Prof. Dr. Rebii Barkın, 1954 yılında Muğla’dan milletvekili adayıdır. Aynı yılın bahar aylarında, Muğla’nın ilk eczacılarından Ethem Serim ile merkeze bağlı Akkaya (Dirgeme) Köyü’ne giderler. Girdikleri kahvede oturanların fizyonomilerinden etkilenen Barkın, kendi kendine mırıldanır: “Ben bunları yakın geçmişte Orta Asya steplerinde bırakmıştım, ne zaman buralara gelmişler?” Sıra konuşmalara gelince Barkın’ın hayreti biraz daha artar, Ethem Serim’e dönerek şunları söyler: “Muğla’da Nogayca’nın varlığı kesin, Timur’un Ayasuluk’ta geçirdiği dönemin hatıraları bunlar.”

     Muğla, Karaman Beyliği’nin Osmanlı’ya katılması ile beraber Karaman’dan sürülen Türkmen boylarının da yeni yerleşim bölgelerinden biri durumuna gelir. Bugün Muğla’da “Karaman” adını taşıyan pek çok aile vardır.

     Konya’nın Mevlana ailesi, Menteşe’ye özel ilgi duyar. Yeni fethedilen “uçların” Hanefi mezhebi ve Mevlevi itikadı etrafında kümelenmeleri, Mevlana ailesinin egemen politikalarıdır. M.S. 1300’lü yıllarda Mevlana soyundan Arif Çelebi Menteşe’ye gelir. Menteşe Beyi Mesut Bey’in oturduğu Milas’ta uzun süre kalır. Bu süre sonunda Mesut Bey Arif Çelebi’nin müridi olur. Paul Vittek, adı geçen eserinde bu geziden söz ederken şu yorumda bulunur: “Uç’a yapılan bu seyahatlerin sebebini kavramak kolaydır. Bunun manası, büyük mikyasta fütühhatlar ile önem kazanmış olan hükümdar ailelerini Mevlana ailesi için kazanmak…”

     Muğla’nın yaşadığı önemli nüfus dalgalanmalarının bir kaynağı da Kaletavas’tır. Özellikle Menteşe mir’i topraklarını Padişah adına yönetmeye başlayan Tavaslıoğullarının hüküm sürdüğü 18. ve 19. yüzyıllarda Muğla Merkeze ve bağlı beldelere yoğun Kaletavas göçleri olmuştur. Abbak Süleyman Ağa, Kahyaoğulları, Sucuzadeler, Kaleliler, Özalpler, Özdemirler, Bekir Erdemler, Gümüşler, Keleşler-Selçukiler Muğla’nın ticari, sosyal ve kültür yapısında etkisi görülen Kaletavaslılardır. Yeni gelen Kaletavaslı ailelerin bir bölümü, bölgemize, Tavaslıoğullarının kaza ayanlıklarını yapmak üzere gönderilmişlerdir. Kaletavaslı Hacı Abbak Ağa’nın etrafına aldığı kalabalık bir cemaat topluluğu ile 18. yüzyılın başlarında Yerkesiği kazasına geldikleri ve bu gelen nüfusun Yerkesiği nüfusunun yarısını oluşturduğu bilinmektedir.